Mikrosūkņu trūkumi galvenokārt ietver šādus aspektus:
1. Ekspluatācijas apstākļu ierobežojumi
Nevar ilgstoši darboties bez ūdens: mikrosūkni ir viegli sadedzināt ūdens trūkuma stāvoklī, galvenokārt tāpēc, ka sūknis tukšgaitā vai sausā griešanās laikā tiks bojāts motors un mehāniskās daļas, jo trūkst eļļošanas un dzesēšanas.
Nepietiekama pašsūknēšanas jauda: dažiem mikrosūkņiem nav pašsūknēšanas jaudas, un, lai tie darbotos normāli, tie ir jāiegremdē vai jāuzstāda zem šķidruma līmeņa, kas ierobežo to lietošanas scenārijus.
Otrkārt, veiktspēja un efektivitāte
Ierobežots izejas spiediens: mikroiegremdējamā sūkņa izejas spiediens (galva) parasti nav augsts, tāpēc tas ir vairāk piemērots lielas plūsmas un zemas spiediena gadījumiem.
Trokšņa problēmas: lai gan daži mikrosūkņi, piemēram, DC bezsuku sūkņi, darbojas labi klusuma ziņā, joprojām ir daži produkti ar lielām trokšņa problēmām, īpaši lielā ātrumā.
Apkope un izmaksas
Augstas uzturēšanas izmaksas: dažiem mikrosūkņu veidiem, piemēram, bezsuku līdzstrāvas sūkņiem, uzturēšanas izmaksas var būt augstas to sarežģītās konstrukcijas dēļ. Turklāt kļūmes gadījumā var būt nepieciešama profesionāla apkope.
Augstākas izmaksas: salīdzinot ar dažiem tradicionālajiem sūkņiem, mikrosūkņu ražošanas izmaksas ir augstākas, kas arī rada salīdzinoši augstu pārdošanas cenu.
4. Citi trūkumi
Viegli valkājams: mikrosūkņiem, kas izmanto ogles sukas atpakaļgaitā, ogles sukas nolietojas, palielinoties lietošanas laikam, kā rezultātā palielinās skaņa vai pat atteices.
Rezonanses problēma: dažos gadījumos mikrosūkņa motora vibrācijas frekvence var būt tāda pati vai tuva kā rāmja vai apkārtējo plastmasas detaļu vibrācijas frekvence, kā rezultātā var rasties rezonanses parādība.